（一）负责建立健全生态环境有关制度。会同有关部门拟订并组织实施全区生态环境政策、规划。会同有关部门编制并监督实施重点区域、流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划。
（二）负责生态环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调全区突发生态环境事件的应急、预警工作，牵头指导实施生态环境损害赔偿制度，协调解决有关跨区域生态环境污染纠纷，统筹协调全区重点区域、流域生态环境保护工作。
（三）负责监督管理污染物排放总量控制计划的落实。根据国家、省、市核定的污染物减排指标，组织制定并监督实施污染物排放总量控制计划及相关政策，负责区域排污总量管理及监督管理减排目标的落实。监督实施排污许可证制度，监督检查本区域内污染物减排任务完成情况，实施生态环境保护目标责任制。负责应对气候变化和温室气体减排的组织协调工作。
（四）负责环境污染防治的监督管理。制定全区大气、水、海洋、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理制度并监督实施。会同有关部门监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，组织指导城乡生态环境综合整治工作，监督指导农业面源污染治理工作。组织协调区域大气污染联防联控工作。
（五）指导协调和监督生态保护修复工作。组织编制生态保护规划，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。组织制定全区各类自然保护地生态环境监管制度并监督执法。监督野生动植物保护、湿地生态环境保护等工作。指导协调和监督农村生态环境保护，组织协调生物多样性保护，参与生态保护补偿工作。
（六）负责辐射环境安全的监督管理工作。监督管理核技术应用、电磁辐射、放射源和放射性废物以及伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。组织协调辐射环境事故应急工作。
（七）负责生态环境准入的监督管理。受区政府委托指导开展经济和技术政策、发展规划以及经济开发计划环境影响评价工作。按国家、省、市、区规定审批或审查开发建设区域、规划、项目环境影响评价文件。拟订并组织实施区生态环境准入清单。
（八）负责生态环境监测工作。制定生态环境监测制度和规范、拟订相关标准并监督实施。参与生态环境质量监测站点设置工作，组织实施生态环境执法监测、排污单位监督性监测、温室气体减排监测、环境应急监测。参与生态环境质量状况调查评价、预警预测，建立和实行生态环境质量公告制度，统一发布全区环境状况公报和重大生态环境信息。负责全区生态环境信息化工作，参与国家、省、市生态环境监测网相关工作。
（九）配合开展生态环境保护督察。协调全区有关部门、乡镇（街道）配合上级开展生态环境保护督察工作，建立健全生态环境保护督察整改相关制度并督促落实。
（十）统一负责生态环境监督执法。组织开展全区生态环境保护执法检查活动。查处重大生态环境违法问题。负责和指导全区生态环境保护综合执法队伍建设和业务工作。
（十一）开展生态环境科技工作。指导开展生态环境重大科学研究和技术工程示范工作，参与生态环境技术管理体系建设。开展生态环境合作交流，配合开展有关生态环境国际条约的履约工作，参与处理涉外生态环境事务。
（十二）负责提出生态环境领域政府财政性资金安排的初步意见，配合有关部门做好投资项目组织实施、资金使用管理和监督工作。参与指导推动循环经济和生态环保产业发展。
（十三）负责生态环境宣传教育工作，制定并组织实施生态环境保护宣传教育规划，推动社会组织和公众参与生态环境保护。
（十四）完成上级生态环境主管部门和区委、区政府交办的其他任务。
（十五）职能转变。深化生态环境领域“最多跑一次”改革，统一行使生态和城乡各类污染排放监管和行政执法职责，切实强化统一监管。牵头协调美丽瓯海建设，全面落实大气、水、土壤、固废污染防治行动计划，全面实施生态文明示范创建行动计划，高标准打好污染防治攻坚战和生态文明持久战。实行最严格的生态环境保护制度，严守生态保护红线和环境质量底线，构建政府为主导、企业为主体、社会组织和公众共同参与的环境治理体系。深化拓展“区域环评+环境标准”改革，加强事中事后监管。全面推进生态环境领域大数据应用和信息化建设工作，推动政府数字化转型。